Бессчётная многонациональная команда ученых во главе с доктором наук Дэвидом Нилом из Калифорнийского университета Дэвис упорядочила целый геном Сосны ладанной (Pinus taeda). Примерно с 22 миллиардами пар оснований это – наибольший геном, упорядоченный сейчас и самая полная последовательность генома хвойного дерева, когда-либо изданная.Дабы заняться огромным размером генома сосны ладанной, что до недавнего времени являлся препятствием упорядочиванию упрочнений, доктор наук его коллеги и Нил применяли новый способ, что может ускорить собрание генома, сжав сырые 100-кратные информацию о последовательности.
Ключ к ответу применял новый способ, дабы предварительно обработать огромную груду информации о последовательности так, дабы это имело возможность все соответствовать в рабочей памяти о единственном суперкомпьютере.Данный подход разрешил ученым собирать намного более полную последовательность генома, чем собрания проекта двух вторых разновидностей хвойного дерева сообщили в прошлом году.
Новая последовательность подтвердила, что геном густой каши такой большой, по причине того, что это переполнено агрессивными элементами ДНК, каковые скопировали себя около генома. Примерно 82 процента генома составлены из этих и других повторяющихся фрагментов последовательности.“Мы смогли собрать геном человека, но это было близко к пределу отечественной способности; в семь раза больше был легко через чур много”, сообщил соавтор доктор наук Стивен Сэлзберг из Университета Джонса Хопкинса.
Сосны ладанные в Миссисипи, США. Кредит изображения: Woodlot / CC – SA 3.0.Способ собирает большое количество накладывающихся фрагментов последовательности в гораздо большие куски, после чего выбрасывает всю избыточную данные.
Устранение увольнений оставляет компьютер с в 100 раз меньшим числом информации о последовательности, дабы иметь дело с.“Размер частей последовательной последовательности, которую мы собрали, есть порядками величины, больше, чем, что было ранее издано. Это разрешит густой каше являться высококачественным справочным геномом, что существенно скорости на протяжении будущих проектов генома хвойного дерева”, сообщил доктор наук Нил.“Это – громадный геном. Но неприятность лишь собирает все информацию о последовательности.
Неприятность собирает ту последовательность в заказ”, сообщил доктор наук Нил, что есть ведущим автором двух работ, размещённых в издании Genetics (бумага 1 и бумага 2) и первый создатель работы, размещённой в издании Genome Biology.Сосна ладанная – самый коммерчески ответственные разновидности дерева В США и источник большинства американских изделий из бумаги.Современные способы упорядочивающего генома делают довольно легким прочесть отдельные письма в ДНК, но лишь в маленьких фрагментах.
Дерево кроме этого начинается как сырье для индустрии для биологического топлива.При Сосны ладанной 16 миллиардов отдельных фрагментов должны были быть пригодной спиной совместно – вычислительная тайная, названная собранием генома.Последовательность генома окажет помощь ученым породить улучшенные виды сосны ладанной, которая кроме этого начинается как сырье для индустрии для биологического топлива. Сравнительно не так давно упорядоченный геном кроме этого снабжает разнообразие заводов и лучшее понимание эволюции.
Геном кроме этого продемонстрировал расположение генов, каковые смогут быть вовлечены в отбивание вредных микроорганизмов, каковые окажут помощь ученым осознать больше о сопротивлении заболевания в соснах.